A manga és anime formájában kiadott történet megrázó eseményeit követhetjük figyelemmel.
A két szálon kezdődő cselekmény egyik oldalán láthatjuk, amint Lucy, a diclonius megszökik egy intézetből, amit a fajának tartanak fenn, hogy elzárják őket a külvilágtól. Aki dicloniusnak születik, annak a saját végtagjain kívül még vannak további vektorai, ami szintén a kéz feladatát végzik. De mivel ők egy vérszomjas fajt képviselnek, ezért tartják őket bezárva.
A másik kezdőpont két unokatestvér, Yuka és Kouta találkozása sok év után. Közös házba költöznek és az sem titok hogy a lány, Yuka, gyengéd érzelmeket táplál unokatestvére iránt. Amikor a két fiatal a tengerparton sétál, megtalálják a meztelen Lucy-t, aki korábbi vérszomjas éne helyett, úgy viselkedik, mint egy kisgyerek. Nem tud beszélni sem és míg ezt a „kisgyermek” énét éli,  meg is feledkezik arról, hogy mi is ő valójában. Egy napon azonban feltűnik az intézet igazgatójának nevelt lánya, Nana, aki szintén diclonius és akit Lucy elpusztításával bíznak meg.
Miután, Nana és Lucy viszonylag jó viszonyba kerülnek, feltűnik még egy lány a láthatáron. Így Mayu, a vetett sorsú kislány is Kouta otthonában talál menedéket.  De az intézet igazgatója nem nyugszik, egy újabb, erősebb dicloniust küld Lucy és Nana ellen.
Végül Kouta emlékeibe is betekinthetünk: régen, amikor még gyermek volt, megismerkedett egy kislánnyal, aki az árvaházban lakott. Jó barátok lettek és egy nap Kouta az apjával és testvérével elhívták a lányt az állatkertbe. A kirándulás viszont tragikus módon ért véget. A kislány megölte Kouta apját és testvérét. A fiú hosszú időn keresztül próbálta elnyomni ezeket az emlékeket, de azok csak egyre törtek elő és szembe kellett néznie a kegyetlen igazsággal. A kislány Lucy volt.
Lucy már megbánta, amit tett és az intézetben átélt kínzásokat is csak azért bírta ki, mert bocsánatot szeretett volna kérni Koutától.